Ideen om oprettelsen af ​​det arkæologiske museum i byen Almeria er opstået i den første halvdel af det 19. århundrede. Ved 1837 af tættest på byen og dens omgivelser klostre formået at trække 196 malerier og gamle mønter og gravstene, smykker og redskaber, som stammer fra perioden med arabiske styre i Spanien. Men for en række ukendte årsager åbning af museet på det tidspunkt ikke finde sted. Efterfølgende mange af disse artefakter gjorde museets samling uden for Almeria og endda i udlandet.

Proklamation af Anden Spanske Republik var, at i 1933 i Almeria stadig åbnede arkæologiske museum, der har til huse i bygningen af ​​Research Institute. Den oprindelige samling af de Museum arkæologiske rester fundet under udgravninger i Almeria og dens omgivelser. I 1934 har museet allerede begyndt samarbejde med andre museumssamlinger af landet. I 1979 blev i forbindelse med udvidelsen af ​​museets samling flyttet til bygningen, som huser College of Saint Mary the Virgin del Mar.

I 1998 af arkitekterne Ignacio García Pedrosa og Angela Garcia de Paredes blev bygget en ny bygning af museet, der opfylder moderne krav. Interiøret i den nye bygning, rummelige og lyse takket være et omfattende system af naturligt lys, et minimalistisk design, en klar geometriske linjer og rumlig kapacitet. Indsamling af det arkæologiske museum i Almeria er udstillingsgenstande fra den Ældste stenalder periode indtil den mauriske herredømme af den iberiske halvø.