Church of San Sebastian ligger på en bakketop, nær fiskemarkedet, i den nordlige del af den gamle by Lagos. Fra denne placering tilbyder en fantastisk panoramaudsigt over bugten. Kirken er betragtes som en af ​​de ældste og smukkeste kirker i byen.

Selv før kirken blev bygget på dette sted i 1325 var et kapel af den ubesmittede undfangelse af den hellige Jomfru Maria. I 1463, har biskop João de Mello gjort det på dette sted en kirke blev bygget. I 1490, efter ordre fra kongen af ​​Portugal, Don João II, blev vi igen gennemført genopbygningen, og kirken blev udvidet. Efter dette blev kirken indviet som kirken San Sebastian (Church of Saint Sebastian). Desværre, som er sket med mange historiske bygninger i Portugal, blev kirken stort set ødelagt under Lissabon-jordskælv i 1755. Kirken blev restaureret, og to århundreder senere blev kirken igen ødelagt af et jordskælv, der fandt sted i 1969. Over tid blev kirken igen genoprettet.

Inde i kirken af ​​tre naves adskilt af doriske søjler. Den oprindelige vigtigste alter i kirken dateres tilbage til det XVI århundrede. Alter består af fire paneler. Det forventes, at disse paneler skabt en af ​​de mest berømte kunstnere i Algarve i det XVI århundrede Alvaro Dias. Kirken holdt den gamle plan for byen. I 1828, kirken har et tårn med en klokke.

I 1924 har kirken San Sebastian blevet opført som et monument af national betydning.