Universitetet i Zagreb er den ældste ikke kun i Kroatien, men også i Sydøsteuropa. Datoen for sin officielle fundament anses September 23, 1669, da den romerske kejser og den ungarsk-kroatiske konge Leopold Jeg udstedte en lov anerkender de privilegier og status af universitetets uddannelsesinstitutioner i det tidligere Jesuit Akademi, der drives på det område af en fri kongelig by i Zagreb, den tidligere hovedstad i Kongeriget Kroatien og Slavonien. Denne dato er begyndelsen af ​​historien om universitetet i Zagreb i deres kamp for gennemførelsen af ​​de rettigheder, der er modtaget og for at opnå en værdig plads blandt de autoritative og repræsentant for universiteter og akademier i Centraleuropa.

Historien om universitetet i Zagreb i sin moderne form begynder med initiativet dzhyakovskogo biskop og fremtrædende protektor for den kroatiske Josip Juraj Strossmayer, da han i 1861 foreslog at organisere universitetet fire fakulteter: medicinske, teologiske, filosofiske og juridiske. Forslaget blev behandlet i flere år, og i 1874 det kroatiske parlament vedtog initiativet og udstedte et dekret "Om universitetet." I samme år skiftede universitetet sit navn og blev kendt som det moderne universitet i Zagreb.

Siden 1990 Universitetet har fået større selvstændighed, samtidig begyndte tiltrædelse af Bologna-processen.