Klostret blev grundlagt bund Maura Dias i 1280 til nonner klarissok. Klosteret varede ikke længe, ​​og i 1311 er det ophørte med at eksistere. I 1316 gift med kong Dinis I, dronning Isabella af Portugal, restaureret kloster.

Dronning Isabella af Portugal også kaldet "Hellig Queen" på grund af hendes enestående fromhed og retskaffenhed. Dronningen også kendt for deres gode karakter er baseret hospitaler, børnehjem og skoler. Efter døden af ​​hendes mand, kong Dinis, hun trak sig tilbage til klosteret. Og i 1336 dronningen døde og blev begravet i klosteret i graven, dekoreret i gotisk stil. I 1626 blev dronning Isabella kanoniseret for sin velgørenhed og gode gerninger.

Den første arkitekt af klosteret var Domingos Domingues, kendt for sit arbejde på gallerierne i klostret Alcobaça. Han fortsatte arbejdet i denne arkitekt Estevao Domingues, der var berømt for sit arbejde på gallerier katedral i Lissabon. I 1330 indvielsen af ​​templet, og senere til den sydlige del af kirken blev bygget et kloster. Klosteret er meget ofte præsenteres kontante donationer og gaver. I begyndelsen af ​​det XVI århundrede blev kirken udsmykket med Sevillian fliser og installerede nye altre.

Da klosteret og kirken blev bygget på den venstre bred af floden Mondego, så et år senere bygningen blev oversvømmet over bredden af ​​floden farvande. Og i århundreder klostret oversvømmet mange gange. På grund af de hyppige oversvømmelser i klosteret var det ikke muligt at være, og kong John IV beordret til at forlade bygningen og flytte til en ny kloster - klosteret Santa Clara-a-Nova, bygget på en bakke ikke langt fra den gamle bygning. Graven med resterne af dronning Isabella og andre kongelige personer blev overført til den nye bygning.

Over tid, det gamle kloster i ruiner. I 1910 blev bygningen opført som et monument af national betydning, og nogle genopbygning værker blev gennemført i første halvdel af det tyvende århundrede.