Opførelsen af ​​den nye bygning af klostret Santa Clara i Coimbra blev lanceret i 1649. Gammel Kloster, bygget i slutningen af ​​det XIII århundrede, blev ødelagt, og det blev besluttet at bygge en ny bygning til nonnerne i bekendtgørelsen af ​​Santa Clara.

Projektet har udviklet et benediktinerkloster munk af klostret og den kongelige arkitekt João Turriano, der står for opførelsen af ​​den kongelige arkitekt Mateus do Couto. Nybyggeri varede længe nok. I 1677 en ny bygning af klosteret, der blev kendt som klostret Santa Clara-a-Nova, kørte nonner. I 1696 blev kirken indviet.

Den vigtigste portal af klostret kirken er dekoreret med det kongelige våbenskjold, som er støttet af to engle. Det indre af kirken er i barokstil. Kirken har et skib, der tværskib mangler. Den side kapeller og de vigtigste kapel er dekoreret med 14 altertavler af det XVII århundrede i stil med "Talya dorado" - altertavler indrammet i udskåret og forgyldt træ. Desuden blev et nyt kloster flyttet grav med resterne af dronning Isabella af Portugal, grundlæggeren af ​​klosteret. Efter døden af ​​hendes mand, kong Dinis, dronningen var i Coimbra kloster Santa Clara indtil sin død og blev begravet der. Derfor blandt lokale dette kloster kaldes klostret dronning Isabella. Graven med aske, lavet af sølv og krystal, beliggende nær den vigtigste alter i kirken. Før kirken står et monument til dronning Isabella, af billedhuggeren Antonio Teixeira Lopes i det XIX århundrede.

I 1733 i klostret klostre blev bygget i renæssancestil. Opførelsen af ​​disse gallerier, der står for den ungarske arkitekt Carlos Mardel.