Kirken Santa Cruz blev bygget af Jesuit munke i 1608 som sognekirke for de kinesiske immigranter i Manila, hvoraf mange har indført den kristne tro. Når jesuitterne blev fordrevet fra Filippinerne, kirken blev ejendom en Dominikanske munk. Kirken blev næsten dobbelt ødelagt af et kraftigt jordskælv og alvorligt såret under den berømte slag ved Manila i februar 1945, som markerede afslutningen på næsten tre års japansk besættelse af byen.

Da i 1571 blev erklæret hovedstad Manila filippinske øhav, er det blevet forvandlet til lighed med en middelalderlig europæisk by med kirker, paladser og rådhus bygget i stil med den spanske barok. Den nuværende bygning af Church of Santa Cruz, renoveret i 1957, restaureret i sin oprindelige form. Det er imidlertid muligt at se spor af tårnet er typisk for asiatiske arkitektur. Alteret i kirken ved første øjekast virker lidt underspillet, men hans lysdesign perfekt.

Kirken Santa Cruz ligger på Plaza Lacson (tidligere Gojty Area), nær den berømte Fontana Karredo, bygget i 1882 til ære for "den største velgører Filippinerne 'Francisco Karredo der donerede 10 tusind pesos for opførelsen af ​​den første vandforsyning i Manila.