Det første universitet i Pécs opstod i 1367 som en af ​​de ældste i Centraleuropa af kong Ludvig den Store, hun gik under under den tyrkiske besættelse. I 1921 tidligere ungarske University i Bratislava (det Bratislava, ungarsk:. Pozsony) flyttede til Pécs, Janus Pannonius er rezultatom1982 University (Janus Pannonius Tudományegyetem, JPTE).

  Den første universitet blev etableret i Pécs ved Louis I Ungarn i 1367. Efter at have eksisteret som en samlet pædagogisk center i flere årtier, i midten af ​​det 15. århundrede blev det delt i to skoler - lov og teologi. Under den tyrkiske besættelse af universitetet blev lukket og kun åbnes i 1785, da Joseph II flyttede Royal Academy of Gyor, Pecs. I 1802 kom Royal Academy i Gyor på ordre fra Frans I og højere læreanstalter i Pec var først 1833, da biskop Pécs i regi af byens senat grundlagt i Pec Academy med fakulteter for lov og filosofi.

  Moderne Universitet Pécs blev grundlagt i 1912 og oprindeligt placeret i Pozsony (nu Bratislava). Efter Anden Verdenskrig Pozsony var aneksirovan fra Ungarn, og i 1921 flyttede til University of Pecs, hvor det stadig den dag i dag. I 1951 har det medicinske fakultet på universitetet blevet skilt, og indtil 2000 var et særskilt institution. I 1982 blev universitetet opkaldt efter Janus Pannonius. Denne Universitet Pécs blev etableret den 1. januar 2000 ved en fusion af Janus Pannonius University, University of Medicine og Teachers College.