En gammel legende fortæller, at litauiske adelsmand ved navn Goshtautas i 1364 inviteret til 14 franciskaner munke og gav dem hjem, så de kunne bosætte sig i landet. Da Goshtautasa forlod, blev alle munkene dræbt. Nogen tid senere, adelsmanden Inviter franciskanske munke. Nye munke han bosatte sig i et andet sted, og det sted, de myrdede munke, byggede han en kirke, opkaldt til ære for den hellige Kors.

I 1524 kirken nedbrændte. I 1635 bosatte sig på dette sted præster Bonifratrzy. De startede deres arbejde med, bygget en ny kirke Hellig Kors, der blev grundlagt i nærheden af ​​klosteret af samme navn og åbnede på klostret hospitalet. Senere sygehuset forvandlet til et krisecenter for sindslidende. Goshtautasa katolske kirke blev tildelt af klosteret lokaler. Det psykiatriske hospital drives her indtil 1903, hvor det blev flyttet til den nye bygning opført specielt til det psykiatriske hospital.

I 1737 en kirke blev brændt igen. I 1748 blev kirken renoveret, er interiøret blevet fuldstændig repareret, seks altre blev bygget og installeret Kost'ol'na afdelingen blev bygget i barokstil. Bare dekoreret barok facade og bygningen af ​​klosteret. Selv efter restaureringen af ​​det ydre af bygningen, og der var elementer af Rococo. Inde i templet står majestætisk over rummelige værelser sten korsformede buer. Interessant kombination af arkitektoniske elementer af barok, rokoko og neo-rokoko.

I templet er der en kilde, som anses mirakuløse. Legender siger, at kilden dukkede pludselig nær statuen af ​​den ubesmittede undfangelse. Dette er det sted, hvor munkene blev tortureret dræbte franciskanere. Det siges, at den er særligt fordelagtig vand denne kilde på patienter, der lider af øjensygdomme.

I kirken er der også en mirakuløs kors, som er monteret over de vigtigste alter. Nedenfor korset er et billede af den hellige Jomfru Maria med barn. Formentlig er billedet malet i det 17. århundrede, men sikker oprindelsen af ​​maleriet er ukendt. Det er også rangeret blandt de mirakuløse kreationer. En kopi af den mirakuløse maleri af den hellige Jomfru Maria med barn, i form af kalkmalerier kan ses på de vigtigste facade af kirken. Det er under en buet gavl, bygget i 1737 mellem de to side tårne ​​i kirken.

Mellem 1914 og 1924 i kirken holdt en særlig service for studerende på litauiske skoler. På et tidspunkt hvor Vilnius var besat af Polen, ikke blev gennemført i templet service i den litauiske yazyke.V Bonifratr 1843 Order blev afskaffet, og i stedet for klostret forblev kun deres repræsentation. I 1909 blev kirken igen repareret. Ved slutningen af ​​Første Verdenskrig, i 1924, biskop Jurgis Matulaitis Bonifratr inviteret til at vende tilbage til klostret af det hellige Kors. Tilbagelevering af munkene i klosteret var meget belejligt. De reparerede kirken, opføre seks altre der. De iscenesat også på klosteret et krisecenter for ældre og suppen køkken til de trængende "Caritas".

I begyndelsen af ​​Anden Verdenskrig, blev brødrene fra Vilna trukket Bonifratrzy Order. I 1947, klostret i læ af søstrene af menigheden "af ubesmittede undfangelse af den hellige Jomfru Maria." Men de er domineret af kortvarig. Sovjetiske myndigheder lukkede i 1949 og klosteret og kirken. Bygninger klostret var placeret boligområder lejligheder.

I 1976 blev templet restaureret og arrangeret i det Vilnius Philharmonic Concert Hall, den såkaldte "Small Hall of barok." Der var koncerter med orgelmusik.

Vilnius ærkebispedømmet kom tilbage til deres huse, efter at ændringen af ​​regimet i 1990. Templet og klosterbygninger blev restaureret og overført til de nyligt indviede nonner af menigheden Sisters "ubesmittede undfangelse af den hellige Jomfru Maria."