På japansk historie var en tid, hvor herskerne begunstiget udbredelsen af ​​kristendommen, og perioder, hvor bragt fra udlandet doktrin viste sig i vanære, og hans tilhængere blev forfulgt. I XV og XVI århundrede, kristendommen spredes hurtigt på øerne i øgruppen, men i slutningen af ​​XVI århundrede blev forbudt, og befolkningen i Japan praktiserede det hemmeligt. Beboere i Nagasaki blev tvunget hvert år for at bevise, at de ikke er kristne. For at gøre dette, de tilbød at lade hånt billedet af Jesus Kristus og Guds Moder, og dette ritual, de måtte passere indtil midten af ​​det XIX århundrede. Generelt blev kristendommen forbudt i Japan med så meget som to og et halvt århundrede, i løbet af denne tid blev henrettet, tortureret eller deporteret tusindvis af mennesker bekendende religionen.

5 FEBRUAR 1597 i Nagasaki, blev offentligt henrettet for missionering af 26 personer, hvoraf 20 var japansk, fire spaniere, samt mexicanske og indiske. Ved kendelse af den daværende regerende shogun Toyotomi Hideyoshi anholdt kristne blev tortureret, og derefter sætte i Nagasaki og blev korsfæstet på korset rejst på en bakke Nisidzaka. Efter udførelsen af ​​ofrene blev martyrer som helgener læse og genkende dem forskellige fritidsaktiviteter. Et hundrede år efter kanonisering i 1962 på en bakke åbnet et monument og museum. Februar 6 Den katolske kirke i Japan fejrer deres hukommelse.

Museet indeholder vigtige historiske dokumenter bragt fra Europa og sammensat i Japan, artwork periode med tidlige kristendom i Japan. Exhibit kronologisk sætte besøgende med den periode af tidlig kristendom, til tider forfølgelse af kristne og livet af hemmelige katolikker i perioden af ​​selv-isolation tilstand.

På nuværende tidspunkt, kristendommen er den tredje af de store religioner i Japan efter buddhisme og shinto. I begyndelsen af ​​det XXI århundrede, var der omkring 2, 5 millioner kristne, hovedsagelig katolikker.